在威廉下令实施土地清查令，编撰《末日审判书》的时候，却有一伙人强烈抵制了威廉下达的清查土地和资产的命令。
英格兰教会宣布他们的君主是罗马的教皇克雷芒二世，而不是他们在加冕仪式上宣誓效忠的威廉，声称威廉无权对教会发号施令。
威廉和英格兰教会的矛盾由来已久，盖因他一直试图将英格兰教会纳入自己的掌控之中，而英格兰教会却非常抗拒威廉的控制。
威廉手中把持着主教的叙任权，也就是指定主教继任者的权力更是令他们如鲠在喉。
主教叙任权是指授予主教和修道院长以封地和职权的权力。通常以两种物品作为象征：权戒象征宗教权，权标象征世俗权。
在神圣罗马帝国，11世纪中叶以前，主教由皇帝任命，皇帝授予主教权戒和权标，主教向皇帝效忠并提供赋税和服役。
11世纪中叶以后，教会势力增强，教皇格列高利七世要求教会摆脱世俗权力的控制，力主主教和修道院长应由教皇任命，从而与神圣罗马帝国皇帝亨利四世之间爆发争夺主教叙任权的斗争。
由于英格兰远离罗马教廷，教皇对英格兰教会的控制力非常薄弱，再加上英格兰的王权强盛，且威廉又是个强势的君主，因此英格兰教会一支都把持在威廉的手中，他们向国王宣誓效忠并提供赋税和服役。
但威廉的清查行动无疑动了主教们的奶酪，如果说在威廉清查之前，主教们每人只需提供寥寥一百多英镑和一两百名民兵的话，那么在土地清查完毕之后，助教们需要提供的赋税和士兵甚至要翻三倍以上。
这次英格兰教会抗拒威廉的清查行为，就是他们联合起来对威廉的一次反击。
要说英格兰的主教们没有受到罗马教廷和教皇克雷芒二世的支持，威廉是绝对不相信的，没有教皇的支持，他们不可能有勇气反抗他和诺曼人。
威廉将教会的反击视为一种对他权威的挑衅行为，于是他向各总铎区、堂区和修道院的主教们下达命令，要求他们前来温切斯特觐见，接受威廉对他们违背自己效忠誓言的惩罚。
另一方面，威廉也做好了使用武力的准备，若是他们再次抗拒他的命令，他就会率领他麾下的军团攻打主教们的领地。
在英格兰王国，当地主教们拥有大量的领地，不但拥有伍斯特郡和达勒姆郡作为总铎区，在每个郡中都拥有大片领地，这些主教们拥有的领地加起来甚至达到了威廉王室直领的一半。
威廉对领地有一种极度渴求的**，对英格兰教会占有的大量土地垂涎已久，同时威廉又是一个控制**极为强大的君主，他不能容许他的领地中有任何不受他控制的不稳定因素。
在他看来，英格兰教会就是最大不稳定因素，他们不受威廉的控制，随时可能获得教皇和罗马教廷的帮助对抗他们的君主，这不就相当于21世纪的分裂势力和外国干涉吗，这种受到外国支持的分裂势力即便在天朝也是不能容忍的。
中世纪时期，西欧世俗政权与教会是并存的两大政治力量，二者时而勾结、合作，时而冲突。
封建制度确立之初，教会依附并支持世俗政权， 10 世纪开始，教会的实力不断增强，借政治混乱的有利时机，教皇开始与世俗君主展开了争夺西欧最高统治权的斗争。
各国君主为了实现中央集权，仍想把教会视为统治工具“上帝之城”与“世俗之城”间，因此展开了长期的政治冲突，这场斗争贯穿了封建社会的始终。
在英格兰，教权和世俗权力的斗争也由来已久，封建君主和教会间的关系非常复杂，既有合作，又时常发生冲突和对抗。
中世纪前期的英国封建王权，脱胎于带有日耳曼部落原始军事民主制遗风的盎格鲁撒克逊的“蛮
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