马超推行这次大变革的第二大类法规，针对的是军中的事宜。
无论是民生还是商业，一切的一切，都是在为国富民强打基础，而一个势力的强弱，最直接的体现，便是体现在军队的战斗力上。对此，马超是绝不会忽视的。
为此，马超对西凉所属的军队，也进行了一次历史性的改革。
首先，针对战时的复杂情况，马超推出了军中令。在军中令中，规定无论是地方军还是正规军，甚至是奔雷骑和破军阵两支精锐，都不得有丝毫的违反。从击鼓则进，鸣金则退的最基本军事条例开始，一直到大兵团多兵种协同作战的进退之法，军中令都做出了明确的规定，一旦有人违反，则会按照军中令中所规定的九禁十八斩的军法，予以严厉的惩处。
军中令中有严厉的一面，也有优待将士们的一面。比如说，军中令中规定了将士们日常的食谱，凡是正式在编的军士，都必须保证每日三餐，三餐中必须有一顿要带有荤腥，荤素搭配，保证将士们的身体机能始终保持在较高的水准。同时还明确规定了各级将士们的军饷，暂定为每三个月发放一次，任何人不得以任何理由，对将士们的口粮和军饷进行克扣，一经发现，按照九禁十八斩之令，就地格杀。
其次，马超还颁布了戍卒令。戍卒令是针对没有战事的情况下，对西凉将士们的日常令法。戍卒令中，详细的规定了西凉将士们的构成框架，规定中央军中，每十人为一队，设队长一名；每五队为一大队，设队率一名；每两大队为一屯，设屯长一名；每五屯为一曲，设军侯一名；每两曲为一部，设校尉一名；每五部为一营，由制定的将军担任指挥官。
戍卒令的颁布，无形之中废除了自秦汉以来，维持了数百年之久的军事结构，将原本等级繁多的军事框架，简化成了自上至下的六个等级，不但有效的缩短了军令下达的过程，使各级将士的行动更趋于迅捷，更是大大减少了将军们之中，有人利用空头士兵吃空饷的可能，起到了军中反腐的作用。
而且，戍卒令的推行，限定了指挥士兵们的将军，最多只能直接调度一个营兵马，也就是五千人之众，没有马超临时授予的虎符，是绝对没有办法大规模的调动军马的，这样一来，也就基本上不可能出现有人拥兵自重，进行谋逆的事情发生了。
当然，也有士兵上限超过五千人的编制存在，那就是马超亲自统率的奔雷骑和破军阵这两支精锐了。这两支精锐的编制，是凌驾于普通军队编制之上的，每支精锐满编的人数，都在两万人左右。这两支精锐可是马超一手训练出来的，直接听从马超的指挥，旁人没有马超的命令，是铁定指挥不动他们的。
借着这次变革，马超在军事方面，对西凉十余万将士们，也进行了一番调整。为长久计，马超再次下令从西凉境内招募三万名战士，暂时编入各地的驻军中，进行新兵的训练。同时从各地抽调一万五千名精锐，上调到了正规军中。之后又在正规军中，精挑细选出了一万人，补充到伤了元气的奔雷骑中，保持着奔雷骑两万精锐之数。
在这次募兵的过程中，兵源主要是从西凉本地人，和已经渐渐融入西凉的羌氐人群之中进行招募，外来的流民暂时不列为招募的对象中。除非是身怀绝技之人，经过现场考官的审核之后，才可以进入招募的行列，之后在通过复试与审核，才能正式成为西凉军的一员。
在招募新兵的过程中，马超还下令再次组建了一支特殊的部队。这支部队，不要求战斗力有多高，唯一的条件，便是懂医术或者是懂兽医之术，而且医术越精深越好。鉴于在讨伐董卓的过程中，数千奔雷骑战死于此役，马超真切的认识到了军医的重要性，有的时候，一名好的军医，其作用甚至不亚于一支千人的部队。同理，一个好的兽医，对于一支部队的重要性，也是不言而喻
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