面对法庭所出具的各种人证物证，松井石根不得不供认道：
“余于1937年11月被任命为华中方面军司令官。攻击南京时不意若干青年军人竟于占领南京时有残暴行为，实属遗憾。”但他并不服罪。他想避重就轻，推卸责任。于是他使出第三招。
松井石根大言不惭：“我始终坚信，日中之间的斗争是亚洲大家庭中兄弟间的争吵，日本不可避免地要动用武力，以拯救旅居中国的日本侨民，保护我们的权益，这同哥哥经长期忍耐后赶走不听话的弟弟没什么两样，目的仅仅是促使中国回心转意。驱使这一行动的动机并非仇恨而是爱怜。”
他说：“由于我多年宿愿乃是使日**存共荣，因此在占领南京时采取种种预防措施，以避免这一战争给全体中国人民带来苦难。”
松井石根的辩护人、曾驻南京的第九师团第三十六联队长胁坂次郎大佐在宣誓证词中说：“松井大将常常训示部属要严守军纪3纪，宣抚爱护居民。”
难以置信的是，松井石根怎么竟能承受住事实与谎言之间如此巨大的反向力量。在暴行达到顶峰时，国际安全区的负责人竭力对兽军进行劝阻，同他们讨价还价地谈条件，通过新闻记者向世界舆论揭露兽军的暴行，同时将暴行整理成备忘录，两次通过外交途径向兽军当局提出强烈抗议。
检察官季南并没有受到干扰，他讯问道：“国际委员会送交的日军暴行备忘录，你看到过吗?”
松井石根回答：“见到过。”
“那么你采取的究竟是些什么措施呢?”
“我出过一张整饬军纪的布告，贴在一座寺庙的门口。”
“你以为在浩大的南京城内，日军杀人如麻，每天有成千成万的男女被屠杀和**，你的一张布告会有什么效力吗?”
松井g塞。他想了想，说：“我还派了宪兵维持秩序。”
“多少宪兵?”
“记不清了，大约有几十名。”
“你以为在几万日军到处疯狂地杀人、放火、**、抢劫的情况下，这样少数的宪兵能起到制止的作用吗?”
松井又想了想，说：“我想能够。”
当证人证实当时南京只有17名宪兵，这些宪兵本身也参加了暴行时，松井烟鬼般的脸上又重重地刷上了一层死灰色。
松井企图逃脱罪责的努力落空了。
早于开庭审判前的调查讯问期间，松井就力图推卸自己的责任。面对莫罗检察官的讯问，他说要把日军在战场上的行为同作战外的不法行为区分开来，犯罪分子当时已被处置。他强调说，他并非是要谴责朝香宫，但南京暴行确实是朝香宫任司令官的上海派遣军部队干的。为了表明自己是个虔诚的佛教徒，具有积德行善的情怀，他告诉莫罗，他从南京回国后，即在热海市附近的伊豆山上修建了一座神殿，塑了一尊观音菩萨的全身像，并将从长江盆地运来的染血的泥土撒在基座上。他曾昼夜不息地在这神像前为两**人的亡灵得以安息，为世界和平得以实现而祈祷。
这在无意当中透露出日本政府对南京大屠杀的态度。迫于世界各国舆论的压力，松井石根及其部下80名将校被召回国内，但没有受到任何处罚。松井回国后被任命为内阁参议。由于在战争中的“功劳”，日本天皇还于1942年给他授勋。他对人说，他回国不是因为他的军队在南京犯了暴行，而是他的任务到了南京业已终结。
夫人矶部文子陪着他到伊豆的山淙淙园静养。陶瓷观音像落成后，他写了一篇《兴亚观音缘起》的文章刻在它的基石上。文章写道：
“中国事变，友邻相争，扫灭众多生命，实乃千古之惨事也。余拜大命.转战江南之野，所亡生灵无数，诚不堪痛惜之至。兹为吊慰此等亡灵，特
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