除了各百人队的旗帜之外，先锋部队将设有五色军旗，一般只允许举一面旗。五色旗的主要作用为：行军途中遇到树林，就把青色的军旗高举；遇到沼泽，就把黑色的军旗高举；遇到其他军队，就把白旗高举；遇到山势险要的地方，就把黄旗高举；遇到烟火，就把红旗高举。一旦走过，就要把相应的军旗收起来。
如果道路只可以行军一列，就举一面旗帜；如果可以行军两列，就举两面旗帜；可行军三列，就举三面旗帜；可行军四列，就举四面旗帜；拔营行军的时候，就举五面旗帜，后面的部队依次传递。
而如果前面的哨兵发现敌人，形势危急，就挥动红旗；形势不是很危急，就挥动黄旗；敌人人数众多，就挥动青旗；人数不多，就挥动白旗；前方无路可行，就挥动黑旗。前面的士兵挥动军旗，后面的就要跟着依次挥动。如果敌人没有来进攻，就停止摇动军旗。绝对不允许遇见敌人，挥动军旗之后，不论敌人是否进攻就一窝蜂地后撤，否则军法严惩。同样如何胡乱竖立和挥舞军旗，同样要军法严惩。
统一了号令，那么接下来就是军法，王千军现在根本就没有一个成文的军纪，不过王千军也是幸运的，因为手下人各自出身的不同，都互相监视着不敢乱来，所以扰民的事情发生得极少，而王千军也一再要求不许屠杀俘虏，看着无数的敌人自动地扔掉了手中的兵器，乖乖在那里投降，尝到甜头的手下人也渐渐习惯了不屠杀俘虏，可王千军知道，如此自觉的事情并不会维持太久，一定要有完善正规的军纪才可以。
“在没有我的命令和主帅的命令随意砍伐百姓树木，糟蹋百姓田产，烧毁百姓房屋，偷盗财物者，初归还百姓财物，赔偿百姓损失之外，还要根据情节大小进行惩罚，最少十军棍，最高则为一百军棍！”
“在没有我的命令和主帅的命令之下，杀戮百姓，奸淫妇女，杀戮俘虏和侮俘虏的妇女者，杀无赦！军队中严禁出现割取阵亡将士之首级，妄杀无辜百姓冒充敌人首级之事，违者杀无赦！”
这是王千军规定的军纪的前一小部分，所有人听了之后在内心都感觉有些奇怪，不过很多人想一想也就明白了，真到了某些时候，王千军也会下达洗劫和屠杀的命令，到时候只要遵守命令就行了，在这个乱世，他们这些人还真没有见过什么对百姓秋毫无犯，仁义无比的军队，有的时候官兵比土匪还要可怕！
“军队前进后退子有旗帜金鼓来指挥，没有命令不许私自开口说话，特别是在夜间行军，必须保持队伍的整齐，严禁开口和插队，违反者将严加惩处。”
“战斗之中，敌人如抛撒金银财宝、布帛兵器，所有士兵不许拣拿和抢夺，因为那是敌人在引诱我军士兵争夺钱财，好趁机逃跑或者反攻。今后如果在战争中遇到敌人抛撒财物，有人胆敢违令贪图钱财，而导致战败，或者使敌人得以逃脱，凡是抢夺财物的士兵，不管是带头的还是跟随的，全部都要斩首！”
“凡是临阵退缩者，执法队可就地格杀逃兵，允许队长割后退士兵的耳朵，百户割后退队长的耳朵，千户割后退百户的耳朵。收兵回营之后，凡是没有耳朵者，都要进行审查和清点，弄清情况后将违反军纪者斩首。如果有人纵容属下，眼见有人退缩而不肯割人耳朵，那么就要连坐并罚，但退缩之人不予追究。”
“如果伏击敌人，遇到敌人的时候没有及时冲杀的，或者过早冲杀的，领兵的百户就要依照军纪斩首，士兵则要扣其口粮，并要捆绑起来鞭打。如果大队人马看到奇兵和伏兵已经开始冲杀，而不立即响应的，同例。每一队士兵，如果一个士兵奋勇冲杀，而其他人不去相救至使其阵亡，那么全队都要予以斩首！”
“凡是冲锋在前的人，一队被围困，而二队不去营救；一百人队被围困，而同一千人队其他各百人队不去
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