因为锦衣卫介入了魏忠贤一众的清洗，整个京城的气氛都陷入了一片压抑中。光是京城里被抓到卫所的官员就不算少。朱由检也不是一声不吭地抓人，每次都把这些人的罪证给先拿来出来，这段日子每天上朝的时候，都能听到皇上又宣读了新版本的证据。这里面的精彩纷呈，让大家提心吊胆着，自己明天也许就是下一个了。
而就在众人以为事情会变成一连串的大清洗时，朱由检却是果断地停了下来，客氏被天启帝处死，首谋兵部尚书崔呈秀、宁国公魏亮卿、锦衣卫都指挥使侯国兴，又及他们结交的一党，包括提督操江右佥都御史刘志远、刑部尚书薛贞、工部尚书吴淳夫等十九人全部处决，而还有一批人的名单被公布出来，按照大明律降罪。
结束这件事情的标志是朱由校的诏书，将曾经与建立生祠一样荒唐的给彻底地废除了。这本书中魏忠贤对于万历、泰昌、天启三朝著名的梴击、红丸、移宫三案，做了重新的评判，构造了对当时主持此事的杨涟一众人的大篇幅诬陷之词。
“太上皇已经说了，昨日种种皆是魏公公受到了下面一众人的欺瞒所造成。魏公公本是深宫中人，对于天下之事难以看清，身边谄媚之徒过多，才造成了屡屡错案。于此，太上皇也是难辞其咎，魏公公已经身患重疾，念在其年事已高，死罪可免，而夺去一切的官封，从此日书佛经百卷，以而洗清往日罪孽。”
文震孟听到了太上皇诏书的内容之后，眉头已经不能松开了。
说起这个人，他是文徵明的曾孙，酷爱，一直有着自比屈原之意。是个真正的刚直之人，被魏忠贤迫害时还被打过延杖八十棍，这可是差点要了老命的事情。去年顾同寅赋诗悼念被阉党诬杀的抗击后金已故名将熊廷弼，顾同寅被捕了之后，此事也还把文震孟牵给扯了进去。这下好了，文震孟直接被夺了官，贬为平民。
因为朱由检登基，才将这个四十多岁的文震孟又给弄了回来。也是因为他人刚直清正，威武不能屈，富贵不能淫，在文士之中太有盛名，魏忠贤都倒了，你不把这人给弄回来，怎么也说不过去。
对于天启帝，文震孟要是说真的没有怨言，是绝对不可能的。但是臣不言君王之过，他更加明白过错在魏忠贤的身上，而现在阉党的主力都被杀了，太上皇也否认了荒唐的，可是为何偏偏留着魏忠贤的命？难道除恶务尽的事情，太上皇不知道吗！
“皇上，魏忠贤结党营私，混乱朝纲，以而至天下人饱受灾苦，不处以极刑，肃清污秽，只怕会死灰复燃啊。”
朱由检看着这个严肃脸，每个朝代都有这种人，大家都没有开口呢，只有最刚直的人才会忍不住。这事情是太上皇定的，你找我这个皇上，我也办不了。事情真的要追究下去，最大的祸首还是我的好哥哥，你让我咋办，“文卿，此事乃是太上皇的御旨，魏忠贤一案，就到此为止吧。如今内阁空置，还是尽快推选内阁大臣，才能将朝令通达下去。”
原来在内阁位置上的几人都已经被撸了下去。
明朝的内阁从建立至今，人数上也是不一定的，有三个人的时候，也有九个人的时候。职能上也从一开始把所有上报给皇上的奏折汇总在一起的秘书用途，变成了有票拟权的实权者。虽然六部在规章上不从属于内阁，但内阁看了下面报上来的东西，先选了一边，拟出一个章程，上报给皇上，请他再做定夺。下头上了票拟，上头红批一下，而‘红批权’说是说在司礼监大太监的手上，其实是表达皇上的意思。可要是遇到了不管事的天启帝，那么最后决定的人就是魏忠贤了。
可是在这个过程中，其实已经遏制住了皇权。因为报上来的东西，已经是经过了内阁草拟的章程，删选了大部分的内容。也不是让皇上定策，而是内阁定了，皇上准不准。当然了皇帝本身如果强势，就
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