张格尔之乱引发了几十年未遇的新疆大规模叛乱，起初清朝毅然与浩罕汗国断交，但是这次大叛乱也给清朝在新疆的统治带来了很大打击，使得清政府不得不考虑与浩罕汗国相妥协。道光十年，清朝与浩罕汗国议和，同意了浩罕汗国向新疆六城地区派遣”长老”，行使领事特权的要求。通过派遣长老，浩罕汗国可以一面保护浩罕商人在新疆的利益，同时直接对浩罕商人征税，从而保证浩罕汗国垄断在六城地区的贸易利益。但是浩罕汗国还是没有放弃其对喀什地区的野心，时常支持和卓族人的复国行动，介入新疆事务。
大清与浩罕汗国在新疆的纷争，很难说的清楚，因为大清认为这是国与国之间的政治问题，浩罕汗国却认为这是他们的宗教事务。也不止是浩罕汗国，几乎整个阿拉伯世界都这么认为，只要是的事，他们就管得着。虽然后来大清也接受了浩罕汗国的想法，但是大清的做法却二到了极点，同意外国人管理本国宗教事务，完全是自己给自己找不自在。这次西北回乱，便成了不自在凸显的契机，大清还只是遇到了烦，浩罕汗国则把自己给坑死了。
西北一乱，新疆也就跟着乱了起来，不过前期一直是各大领主内部掐来掐去，没想到掐架吃亏了的喀什回部首领柯尔克孜伯克司迪尔，派人去浩罕汗国叫帮手了。这帮大哥可没有国界的概念，对于他们来说，大清这边都是可恶的异教徒，葱岭西边那些人才是和他们一个信仰的自己人。所以浩罕汗国的外国人阿古柏，护送着张格尔的儿子布素鲁克，又回到了新疆。回来的第一件事，就是把请他们来的司迪尔给赶出了新疆。
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