曾先后拒绝过金和南宋的邀请。但丘处机审时度势，认为蒙古统治者很有可能一统天下。为了全真教的发展，他最终决定应诏。同时，他也想借机为民请命，劝蒙古大汗少杀无辜。
1219年腊月，丘处机带领尹志平、李志常等18位这一路辗转万里，路上几经坎坷，直至三年之后，1222年初夏，丘处机终于到达了大雪山(今阿富汗兴都库什山)，见到了成吉思汗。
成吉思汗见丘处机果真是仙风道骨，十分高兴，便开门见山地向他讨要长生之术和长生不老药。丘处机显然早有心理准备，他说：“世界上只有卫生之道，而无长生之药。”
丘处机向成吉思汗传授道教要义，短命之人皆因“不懂卫生之道。”而卫生之道以“清心寡欲为要”，即“一要清除杂念，二要减少私欲，三要保持心地宁静。”这番道家真言让成吉思汗大开眼界，此后，丘处机就留在成吉思汗身边，每日诵经传道。
在后来二人朝夕相处的日子里，丘处机还不断以身边小事来劝诫成吉思汗。
一次，成吉思汗打猎射杀一只野猪时突然马失前蹄，可野猪却不敢扑向成吉思汗。事后，丘处机便入谏说：“上天有好生之德，陛下现在圣寿已高，应该少出去打猎。坠马，正是上天告诫陛下。而野猪不敢靠近，是上天在保护着陛下。”成吉思汗对此十分信服。
到1223年，丘处机已在成吉思汗身边呆了一个年头。由于不适应高原气候，加上思念故土，丘处机决定东归。大汗依依不舍地与丘处机辞别，并赐给他许多金银财宝，却遭到谢绝。于是，成吉思汗下诏免除全真教徒的赋税，并派人率骑兵五千护送他返乡。
后来，成吉思汗又赐给丘处机虎符玺书，并命燕京行省将原金朝的御花园赏给全真教建造宫观。从此，丘处机得以弘扬全真教、广建道观，掌管天下道教，取得了相当于蒙古国国师的地位。
北野龙吟说道：“这段历史在元史上也有记载。但是史记却忽略了重要的一点，或者说刻意地隐瞒了一些事情。
成吉思汗跟丘处机相处的这一年多来，假如两人只是谈经论道，并不足以让成吉思汗如此器重他。
但是成吉思汗不仅在丘处机东归的时候，于战事频仍中派五千铁骑护送他回乡，而且赐给丘处机虎符、玺书。这虎符、玺书在古代可是调兵遣将的重要信物。
从另外一件事情上，也可以看出丘处机对于成吉思汗的重要性。在丘处机回归之后，成吉思汗还特意传来圣旨询问他归途是否顺利、现在住得合不合适，并说：“朕常念神仙，神仙勿忘朕！”
成吉思汗对丘处机这样重视，并不仅仅因为他是道家仙人，而是因为丘处机不仅教了他养生之术，还传授了他一些不为人知的秘密——因为这些事情涉及到元朝统治阶层的重大机密，所以一直没有外传，在史记中也未记载。”
张姓年轻人试探地问道：“听龙吟先生的意思，这里面还另有别情？”
北野龙吟犹豫了一下说道：“这丘处机作为道教长老，还精通奇门遁甲、五行八卦之术，跟成吉思汗相处这段时间，他把这些知识也都倾囊相授，成吉思汗对于丘处机谈到的一些跟丧葬有关的机关幻术尤其关心。
彼时成吉思汗已经年老，英雄迟暮，也开始关注起自己的身后大事。在成吉思汗之前，蒙古的大汗死亡之后，丧葬都比较随便，以前大汗的坟墓经常会被敌人发现，挖掘辱尸。
以成吉思汗的地位和身份，铁蹄已经征服大半个欧亚大陆，显然不会对自己的身后大事草草了之。因此就命手下怯薛军中聪慧灵敏之人，专门跟丘处机学习这奇门遁甲、五行八卦的机关幻术。
而怯薛军是专门负责帝王权贵丧葬礼仪的亲卫，他们将丘处机传授的机关幻术跟蒙古人的丧
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