管理的重大问题进行专案研究；二是监督决策的执行，也就是作为军事主官的耳目，对决策执行的各环节、各阶段进行跟踪考察，将各执行部门的情况及时分析、反馈到决策层，结合外部环境的变化提出意见和建议。
参谋司由须眉侠士萧嘉穗出任总参谋长，神机军师朱武，小留侯许贯忠，太学狂生吕将，入云龙公孙胜和女诸葛刘慧娘担任副参谋长，其他参谋数目不等。
政治司的作用在晁盖看来就是让将士们明白他们是为了什么而参军，为什么而战斗，保证梁山最高首脑的路线、方针、政策、指示在军队军队中的贯彻执行，保证梁山人民军统帅对军队的绝对领导，保证三军在思想上同人民军的目标保持高度一致。
政治司的司长依旧是智多星吴用，政治司重中之重，而吴用又是梁山元老级别的人物，晁盖让他掌管政治司，就是间接的控制了梁山军队的大脑，到时候即便是有哪一个将领想要造反起义，他手底下的士兵也是不同意的，这就从根本上解决了类似“赵匡胤黄袍加身”的事情。
装备司的作用就是负责梁山人民军的装备的研发和装备，可以说梁山军队的所有武器装备全是由装备司调拨的。
装备司的司长是赛雄信刘广，刘广原先是沂州的防御使，管理能力有目共睹，而且刘广如今年纪也是稍微有一大了，已经过了壮年时期，再让他征战沙场有不合适了，所以晁盖便安排了刘广担任装备司的主官，负责全军的装备，也可以说是人尽其才。
装备司还下设兵器署，由金钱豹子汤隆负责；火炮署，由赛公输吕恒负责；战船署，由玉幡竿孟康和巧匠叶春负责；战马署，由金毛犬段景住负责……旌旗袍袄署，由通臂猿侯健负责。
后勤司顾名思义便是负责梁山军队中的后勤工作，包括军队中的粮草，军饷，医务，军队农场牧场渔场等工作。后勤司司长是镇三山黄信，后勤司还有一个两万人的农垦兵团，就是专门负责军队后勤的保障工作的，都是战斗部队中伤残不能复员的战士们组成，为梁山的军队再次的发光发热，这也解决了军队军士的去留问题。
编练司便是负责梁山军队的招募，新兵训练以及俘虏转化的工作，所有新兵必须在编练司训练至少两个月的军事和思想当面得训练，经过考核之后才能进入战斗部队。
编练司的司长是原八十万禁军总教头赛秦琼王进，对于如何训练军队王进可是这方面得行家里手，而且王进也是年纪大了，便让他掌管编练司，负责梁山军马的招募训练工作。
编练司不能只有王进一个总教头，下面还有七个教头，分别是毛头狮厉天佑，险道神郁保四，操刀鬼曹正，摸着天杜迁，云里金刚宋万，独角龙邹渊和出林龙邹润。
军法司是军队的军事法庭，负责监督军队违法乱纪的部门，军法司的司长是宝光如来邓元觉，邓大师梁山泊的元老，自打晁盖上山便一直跟着晁盖，资历威望梁山没有几个人能够比得上，而且为人最是不知变通，一就是一二就是二，铁面无私，便是花和尚鲁智深见了头皮发麻，让他担任军法司的司长在合适不过，而且军法司的工作性质不同，需要有一个武艺高强的人坐镇，无疑，邓元觉是一个合适的人选。
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