一个成立防疫机构的县城，因为玛岛港是这次鼠疫暴发的中心地区，而玛岛港当时属于科隆县。科隆的防疫机构有县防疫总局、玛岛防疫局和海岸警卫队防疫局。整个巴拿马防疫机构六百多处，人员三千六百九十三人；巴拿马防疫总局是巴拿马防疫总机关，另外还有巴拿马城防疫事务所，专管本城防疫。
在成立防疫机构的前提下，总督府还采取了一系列措施，所有的驻军部队被动员起来，参与防疫工作。预防和制止鼠疫的继续蔓延，譬如关闭巴拿马运河，隔断交通、隔离病人及疑似病人、对各疫区严格消毒、同时改革印第安人不良饮食卫生习惯等等。
巴拿马总督府下辖五十多个县镇专门设立了临时医院和隔离场所，内设病房，设备齐全，凡患鼠疫者和疑似患者皆可送入治疗、隔离，以免传染他人。同时在巴拿马辖区实行火葬制度。
然而，在此后的几天里，形势变得愈发的严峻了。死老鼠数目与日俱增，每天防疫处清晨收集的也越来越多。自第四天起，老鼠开始成群结队跑出来死在外面。它们从破旧的小屋，从地下室、地窖、阴沟里跌跌撞撞地鱼贯爬到地面上，在亮处摇摇晃晃，原地打转，最后死在人们的脚边。
夜里，无论在走廊上或小巷里，都能清楚听见它们垂死挣扎时的轻声惨叫。在近郊区，每天早上都有人看见它们躺在下水道里，尖嘴上挂一小块血迹。有的已全身肿胀，发出腐臭味；有的已经僵硬，胡须还往上翘着。
在总督府各衙门也能碰上小堆小堆的死耗子摆在楼道上或院子里。也有些老鼠孤零零地死在各级行政部门的大厅里、学校的操场上，有时也死在咖啡馆的露天座位之间。防疫队在城里最繁华的地段也发现了死老鼠，这真让他们大惊失色。阅兵场、林荫大道、滨海大道都一一受到污染，而且污染扩散得越来越远。
凌晨刚把死老鼠打扫干净焚化，空气中还充斥着烧焦的臭气。但到大白天全市又会逐渐看到越来越多的死老鼠。不止一个人夜间在人行道上行走时，感到脚下踏了一只软软的刚死不久的小动物尸体。仿佛承载城中房屋的大地正在清洗使它感到重负的体液，让一直在它身体内部折磨它的疮疖和脓血升到表面来。
更多的坏消息接踵而至。西班牙的新格拉纳达总督区波哥大也传来了坏消息，厄瓜多尔，委内瑞拉等地区都爆发了鼠疫，几天后，整个南美，包括中美洲欧洲和亚洲各个国家的殖民地都爆发了可怕的鼠疫，死亡的人数根本无法统计。很多人走着走着就倒在了路上。
大明的巴拿马总督区情况虽然好些，但同样每天都有人死去，各种小道消息和谣言在城中蔓延，整个巴拿马城陷入了恐慌之中，一不小心很可能引起全城骚动。面对如此恶劣的情况。总督朱翊淦不得不下令全城戒严。
随即，这条命令传达到巴拿马总督府辖区各地。一瞬间，整个巴拿马峡地成为了一片死地。能够在城市间活动的只剩下了军警和防疫的工作人员，所有的生产生活陷入停顿。与此同时，接到消息的大明本土也史无前例的派出两百多艘舰船带着大量的物资和医疗工作人员奔赴南美洲救灾。
……
这段日子，庞宪忙坏了。午餐过后，他又看了看各地上报来的情况汇总。这时，电话铃响了。是他一个老病人打来的，这病人是市政府的职员，患腰椎间盘突出已经很长时间了。因为他是正五品以上的高官，庞宪一直亲自为他治病。
“庞太医，是我，”他说，“您还记得我吧。不过，这次麻烦大了！您快点来一下。我邻居家出了点事，他说话气喘吁吁，我很担心他已经染上了鼠疫……”听到电话里的声音，庞宪立刻紧张起来，如果他的邻居得了鼠疫，那整个公务员小区也不安全，自己的妻子和孩子都在这里，城中已经没有安全的地方，他决定亲自赶过
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